做完肛瘘手术后，由于局部组织损伤、炎症及感染等原因会导致伤口出现不同程度的疼痛。

肛瘘手术过程中需要切开或切除病变的肛管皮肤和黏膜，以清除瘘管内的坏死组织和异物。这些操作会引起局部组织的炎症反应和水肿，从而导致伤口疼痛。此外，术后伤口处可能存在细菌感染，进一步加重疼痛症状。

如果患者在术后发现伤口部位红肿、渗出液增多等情况，则可能是术后并发了感染。此时需要及时就医，在医生指导下使用抗生素治疗，如头孢类抗生素或青霉素等。

术后患者应避免剧烈运动，以免增加伤口裂开的风险。日常生活中还要注意保持伤口干燥清洁，促进伤口愈合。