肛门指检里面有疙瘩疼可能是痔、肛裂、肛周脓肿、结肠癌、直肠息肉等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.痔

痔是由于长期便秘、腹泻等导致肛垫下移和静脉曲张所引起的。当患者进行肛门指检时，可能会触碰到坚硬且疼痛的痔核。对于痔的治疗，可以考虑使用局部外用药物如氢化可的松乳膏、红霉素软膏等缓解不适症状。

2.肛裂

肛裂通常由大便过硬引起肛管皮肤全层破裂所致，会导致肛门周围出现小而深的伤口，易形成硬块。这些硬块可能因为炎症反应而伴随疼痛感。针对肛裂的治疗方法包括高锰酸钾温水坐浴以及使用红霉素软膏、氢化可的松乳膏等药膏进行局部涂抹以减轻疼痛和促进愈合。

3.肛周脓肿

肛周脓肿是由肛腺感染后形成的急性化脓性病变，其典型表现为肛门周围红肿、疼痛、皮温升高，伴有波动感，严重者可自行破溃流脓。手术切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法，通过手术将脓液排出，减少炎症刺激，缓解疼痛。

4.结肠癌

结肠癌是指结肠内上皮细胞恶性肿瘤，随着病情进展，肿瘤组织侵犯周围组织结构并发生转移，可能导致肛门部位出现异常增生的情况，在触摸时会有疙瘩的感觉。结肠癌的治疗通常需要综合运用手术切除、化疗、放疗等多种手段，其中手术切除是最常见的治疗方法，旨在彻底清除病灶。

5.直肠息肉

直肠息肉是发生在直肠黏膜上的良性肿瘤，当息肉较大或者数量较多时，会对周围组织产生压迫作用，进而引发疼痛感。对于较小的直肠息肉，可在医生指导下采用内镜下电灼术的方式进行处理；若息肉体积较大，则需采取经腹会阴联合切除术等方式进行处理。

建议定期复查以便监测病情变化，如有持续疼痛或其他不适症状应及时就医。日常生活中应保持良好的排便习惯，避免长时间久坐，同时注意饮食调整，避免辛辣刺激性食物，以减少对肛门区域的刺激。