阴囊有皮脂腺囊肿时，可以考虑使用药物治疗、物理治疗、手术切除等方式进行处理。

由于阴囊处存在皮脂腺囊肿，为防止感染加重，可遵医嘱使用抗生素类药膏进行抗感染治疗。对于囊肿较大的患者，则需要通过激光疗法、冷冻治疗等物理方式缩小囊肿体积，必要时也可由医生操作下进行囊肿切除术。

针对较小且无症状的皮脂腺囊肿，可通过热敷促进局部血液循环，有助于缓解不适症状。

在处理阴囊皮脂腺囊肿的过程中，应避免自行挤压或破坏囊肿以防感染扩散，同时注意个人卫生，保持患处干燥清洁。