凌晨三点胃疼可能是十二指肠溃疡、慢性胃炎、幽门螺杆菌感染、胃食管反流病、功能性消化不良等疾病引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的诊断和治疗。

1.十二指肠溃疡

由于遗传、环境因素共同作用导致黏膜防御功能减弱，胃酸和胃蛋白酶侵袭超过其防御能力而引起。患者可在医生指导下使用奥美拉唑等质子泵抑制剂进行治疗。

2.慢性胃炎

慢性胃炎是由各种刺激因子长期作用于胃黏膜引起的炎症反应，此时胃黏膜存在不同程度的损伤，会导致胃部疼痛的情况发生。患者可遵医嘱服用胶体果胶铋胶囊、铝碳酸镁咀嚼片等药物保护胃黏膜。

3.幽门螺杆菌感染

幽门螺杆菌感染后，在繁殖过程中会产生毒素，这些毒素可能会对胃黏膜造成一定的刺激，从而诱发胃痛的症状。根除幽门螺杆菌通常采用三联疗法或四联疗法，如克拉霉素联合阿莫西林以及奥美拉唑、胶体果胶铋胶囊等。

4.胃食管反流病

胃食管反流病是由于食管下括约肌功能障碍等原因导致胃内容物反流入食管，当胃内容物刺激胃黏膜时会引起胃痛的现象。患者可以遵照医生的意见口服雷贝拉唑钠肠溶片、泮托拉唑钠肠溶胶囊等药物来缓解不适症状。

5.功能性消化不良

功能性消化不良是指没有器质性病变，但出现上腹部不适、餐后饱胀等症状，可能与胃肠动力异常有关。针对此病因所致的不适症状，建议患者平时注意饮食调理，一日三餐定时定量，避免暴饮暴食。

针对凌晨三点胃疼的情况，建议患者及时就医进行胃镜检查、碳呼气试验等相关检查以确定病因。日常生活中，患者应注意规律进餐，避免过度饮酒和摄入辛辣食物，以减少胃肠道负担。