咽喉囊肿癌变的概率很低，一般在1%以下。

咽喉囊肿主要是由慢性炎症刺激引起的，而慢性炎症属于一种良性疾病，不会导致基因突变，所以癌变的可能性很小。但是患者需要定期复查，以便及时发现病情的变化。

咽喉囊肿还应考虑是否为扁桃体角化症、咽部淋巴组织增生等非肿瘤性病变所致，这些疾病通常也不会发生癌变。

针对咽喉囊肿的治疗，应避免不必要的手术干预，减少术后并发症的风险。

同时，建议患者定期进行颈部超声检查以及监测任何异常症状，以早期发现潜在的问题。