40天宝宝大便困难可能由多种原因引起，如奶量摄入不足、食物过敏、先天性巨结肠症等。

奶量摄入不足会导致水分和纤维素缺乏，从而影响肠道蠕动，引起大便干燥和排出困难。食物过敏可引发免疫反应，导致肠道黏膜炎症和水肿，进一步减缓排便过程。先天性巨结肠症是一种遗传性疾病，由于神经节细胞缺如，使部分肠段无法正常蠕动，形成近端肠管明显扩张，远端肠管痉挛狭窄的状态，因此会出现上述症状。对于以上病因引起的大便困难，建议家长及时带孩子到医院就诊，以便进行针对性治疗。

如果宝宝出现腹胀或呕吐等症状，则可能是乳糖不耐受引起的。此时需要调整配方奶粉，使用无乳糖奶粉进行喂养。

在处理新生儿便秘时，应避免盲目使用泻药以防依赖性和肠道功能受损。同时关注婴儿日常活动量及睡眠质量，以辅助判断其消化系统健康状况。