生理性囊肿怀孕后通常不会消失。

生理性囊肿与正常月经周期有关，怀孕后体内激素水平发生变化，可能导致囊肿暂时存在，但在孕期内可能逐渐缩小甚至消失。

如果患者有子宫内膜异位症病史或家族史，则患有卵巢巧克力囊肿的可能性会增加。此时主要是因为具有生长功能的子宫内膜细胞种植在卵巢中，并随着月经周期形成局部出血点和积血囊肿，在孕期也不会自行消退。

对于生理性囊肿，一般不需要特殊处理，定期复查即可；而对于卵巢巧克力囊肿，则需要及时就医，接受专业治疗，以免影响妊娠结局和母亲健康。