三岁小孩晚上睡觉磨牙可能是由寄生虫感染、维生素D缺乏、锌缺乏、牙齿咬合不正、夜间惊恐症等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.寄生虫感染

寄生虫在体内活动时可能会引起消化系统不适，导致睡眠中出现磨牙现象。驱虫药物如阿苯达唑、甲苯咪唑等可用于治疗寄生虫感染。

2.维生素D缺乏

维生素D不足可能导致神经肌肉兴奋性增加，从而引起夜间磨牙的症状。补充维生素D是常见的治疗方法，可通过食物摄取或口服维生素D制剂来实现。

3.锌缺乏

锌参与多种酶和蛋白质合成，缺锌会影响神经系统发育和功能，诱发夜磨牙。补锌可能是有效的治疗方式，可以通过食用富含锌的食物或服用锌补充剂进行改善。

4.牙齿咬合不正

牙齿咬合不正是指上下颌之间的牙齿排列不齐或者咬合关系不良，会导致咀嚼肌过度紧张，进而引发夜间磨牙的现象。矫正牙齿可以采用固定矫治器或隐形矫治器等方式，在专业医生指导下完成。

5.夜间惊恐症

夜间惊恐症是一种焦虑障碍，患者在睡眠过程中会出现突然的恐惧感和身体反应，包括磨牙。抗焦虑药物如舍曲林、帕罗西汀等可用于缓解夜间惊恐症的症状。

建议定期带孩子到医院做微量元素检测以及口腔检查，以确定是否存在寄生虫感染或其他潜在的问题。必要时，可遵医嘱使用驱虫药如阿苯达唑、甲苯咪唑等进行治疗。