肛门指检对多数女性而言不会感到剧烈疼痛，仅存在轻微不适。
肛门指检是通过医师将手指伸入患者的肛门进行触诊的一种检查方式，以了解肛门及直肠下段的情况。此过程可导致局部组织紧张，产生不适感，但并不会造成严重的损伤，因此不必过于担心。如果患者对疼痛较为敏感，则可在医师指导下使用利多卡因凝胶等药物减轻疼痛。
若在进行肛门指检时发现有痔核、息肉或肿瘤等情况，此时可能会因为病变部位受到刺激而出现不同程度的疼痛感。
进行肛门指检前应避免食用高纤维食物及饮酒，以免影响检查结果。另外，对于初次接受此项检查者，建议提前告知医生自身心理预期，以便调整操作手法。
