藿香正气水中的部分中药成分如白芷、茯苓等对金黄色葡萄球菌及白色念珠菌有抑制作用，因此对于湿疹有一定的治疗效果。而该药物并不具备杀灭真菌的作用，所以无法治疗由真菌感染引起的癣病。患者在用药期间应注意观察自身病情变化，若发现异常应及时停药并向医生咨询。
如果患者对其中某些成分过敏，则应避免使用藿香正气水。
此外，由于其含酒精量较高，驾驶或从事危险机械操作时需谨慎服用。
在使用藿香正气水治疗湿疹时，应注意可能出现的皮肤刺激或过敏反应，并遵循医嘱严格控制剂量与频次。对于癣病的治疗，应遵医嘱选用适当的抗真菌外用或口服药物。
