舌下小肉芽伴有疼痛可能由念珠菌感染、舌乳头炎、舌部血管瘤、舌部神经纤维瘤或舌癌引起。这些疾病都可能导致舌下出现异常肿块，需要及时就医以确定具体病因并接受相应治疗。
1.念珠菌感染
当口腔卫生不佳导致口腔微生态环境改变时，会使念珠菌过度繁殖并引起炎症反应，从而形成小肉芽。患者可在医生指导下使用制霉菌素片、氟康唑胶囊等药物进行抗真菌治疗。
2.舌乳头炎
舌乳头炎是由多种因素引起的舌黏膜上皮细胞损伤和修复过程中的异常增生现象。
由于局部组织受到刺激，可能会出现疼痛、充血水肿等症状。患者可遵医嘱使用复方氯己定含漱液、复方硼砂含漱液等药物缓解不适症状。
3.舌部血管瘤
舌部血管瘤是来源于口腔颌面部皮肤、黏膜下结缔组织、肌层中毛细血管扩张增生而形成的良性肿瘤。其生长缓慢，但可能因为血液供应丰富而伴随轻微疼痛。对于表浅且局限的病变，可通过高频电凝固术等方式进行治疗。
4.舌部神经纤维瘤
舌部神经纤维瘤是一种由神经嵴起源的常染色体显性遗传病，主要表现为全身皮肤表面出现咖啡牛奶斑以及身体各处的神经分布区域出现大小不一的结节状肿物。若瘤体较大，压迫到周围器官，则需要通过手术切除的方式进行处理。
5.舌癌
舌癌的发生与长期吸烟、饮酒、嚼槟榔等因素有关，会导致舌头部位出现新生物，伴有疼痛感。确诊后，通常建议采取手术联合放疗的方法进行综合治疗。
针对舌下小肉芽的情况，建议定期观察肉芽的变化，必要时进行活检以排除恶变的可能性。同时，保持良好的口腔卫生习惯，避免食用过热或辛辣食物，以免刺激肉芽引起疼痛。
