毛囊炎萎缩后仍有硬结，是因为毛囊炎愈合后形成的瘢痕组织。

毛囊炎主要是由细菌感染引起的一种炎症性疾病，炎症刺激会导致毛囊及其周围组织发生炎症反应，炎症消退后，毛囊部位会出现纤维化的情况，从而形成硬结。

此外，如果患者在治疗过程中使用了激素类药物，也可能会导致皮肤萎缩和硬结形成。

因此，在诊断为毛囊炎后，应积极就医，遵医嘱接受合适的治疗，并注意个人卫生，避免因不当处理而加重症状或引发并发症。