疟疾对青蒿素抗药性的主要问题是耐药性发展，这可能导致治疗失败。在使用蒿甲醚、青蒿琥酯等青蒿素衍生物时，应监测药物效果并调整治疗方案。除青蒿素类药物外，氯喹、奎宁、阿莫地喹等药物也可用于治疗疟疾感染。
1.蒿甲醚
蒿甲醚适用于耐氯喹恶性疟的治疗。该药物能干扰原虫表膜-线粒体的功能，影响疟原虫的代谢过程。
长期使用可引起恶心、呕吐等胃肠道反应。建议空腹服用以减少不适感。
2.青蒿琥酯
青蒿琥酯主要用于耐氯喹恶性疟及脑型疟的抢救。此药具有高效快速的特点，能够迅速控制病情发展。 对本品过敏者禁用；严重贫血患者需慎用。
3.氯喹
氯喹可用于间日疟和三日疟的症状控制。其机制是通过抑制疟原虫的脱氧核糖核酸合成来阻止其繁殖。 须注意不宜长期大量使用以防蓄积中毒。监测肝肾功能是必要的。
4.奎宁
奎宁用于治疗耐氯喹虫株引起的恶性疟、卵形疟。其机制为作用于原虫的脱氧核糖核酸结构，干扰遗传密码子的复制和转录。 口服后应立即饮水，以免刺激咽喉部黏膜。此外，应注意观察有无头痛、视力模糊等症状出现。
5.阿莫地喹
阿莫地喹适用于耐氯喹恶性疟的治疗。该药物能干扰原虫的DNA合成，从而抑制疟原虫的生长和繁殖。 孕妇及哺乳期妇女禁用；儿童需谨慎使用。
针对疟疾对青蒿素抗药性的报道，卫生组织推荐采用联合疗法，如蒿甲醚联合青蒿琥酯，以提高疗效并延缓耐药性的产生。同时，旅行者前往疟疾流行区时应采取预防措施，包括使用经验证有效的防蚊措施以及按医嘱服用抗疟药物。
