扁平疣用药后发红发痒可能是药物过敏反应、炎症反应、皮肤干燥、毛囊炎、接触性皮炎等病因导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的治疗。

1.药物过敏反应

由于个体对某些药物成分产生免疫应答，导致机体释放组胺等介质，引起局部血管扩张、水肿和瘙痒。患者可遵医嘱使用抗组胺药进行止痒，如西替利嗪、氯雷他定等。

2.炎症反应

炎症反应是指组织受到刺激时出现的防御性反应，包括红肿热痛等症状。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，当使用药物治疗时，可能会激发机体的免疫反应，从而引发炎症反应。针对炎症反应，患者可以遵照医生的意见服用非甾体类抗炎药缓解不适，例如布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠肠溶片等。

3.皮肤干燥

皮肤干燥可能导致角质层受损，使表皮细胞更容易受到外界刺激而发生异常增生，进而诱发或加重扁平疣的症状。保湿是改善皮肤干燥的有效方法，患者平时要多喝水并涂抹具有锁水功效的身体乳来滋润肌肤。

4.毛囊炎

毛囊炎通常由细菌感染引起，若患者在治疗扁平疣的过程中使用了激素类外用药物，可能会影响皮肤屏障功能，增加毛囊炎的发生风险。对于毛囊炎，患者需要保持患处清洁卫生，避免搔抓，同时配合医生通过紫外线疗法等方式进行处理。

5.接触性皮炎

接触性皮炎是皮肤接触到刺激物或过敏原后产生的炎症反应，在治疗扁平疣过程中使用的某些药物可能含有致敏物质，导致部分人群出现过敏反应。患者可按医嘱使用炉甘石洗剂、氧化锌软膏等药物减轻症状。

建议密切观察皮肤变化，定期复查以监测病情进展。日常生活中注意防晒，避免日晒，以免加剧色素沉着。