新生儿呼吸衰竭及时治疗通常可以治愈，一般不会留下长期影响。

由于新生儿呼吸衰竭多是由暂时性的因素引起的，例如羊水吸入、胎粪污染等，在积极干预下，这些因素可被迅速纠正，从而防止长期并发症的发生。尽管如此，对于存在慢性疾病的新生儿，特别是早产儿，持续的医学监控和适当的护理仍然是必要的，以预防潜在的并发症。

新生儿呼吸衰竭可能伴随感染性休克、脑水肿或肺出血等严重并发症，这些并发症可能导致神经系统损伤或其他长期健康问题。

在新生儿出现呼吸衰竭时，应立即就医并接受专业评估与治疗。确保提供适宜的环境温度，并按医嘱调整喂养方式，以减少胃肠道不适导致的呼吸困难。