苦参凝胶可能会暂时破坏菌群平衡。

苦参凝胶中含有的生物碱类物质可以起到抑菌的作用，但并不具有杀灭病原体的效果，因此在短时间内使用后，可导致局部出现短暂的菌群失调现象，进而引起轻微不适症状。

若患者对该药物过敏，则不建议使用该药，以免诱发瘙痒、红肿等不适症状。

苦参凝胶还会增加阴道干燥的风险，因为其具有一定的收敛作用。

使用苦参凝胶时需注意可能出现的不良反应，并遵循医生指导。必要时，可在医师指导下通过服用乳酸杆菌制剂来改善菌群失衡状态。