牙周深度清洁治疗的过程主要包括探诊、清洁、清理根面、冲洗、上药、复诊，在进行上述操作时，需要到正规医院或口腔门诊进行。
1、探诊：医生使用口镜或手指等仪器，在牙齿周围做细致探查，以判断牙龈、牙周膜等组织的健康状况;
2、清洁：医生使用龈沟液、棉签等工具，对牙龈沟、牙周袋等部位进行清洁，将牙齿周围的食物残渣、软垢等清理干净;
3、清理根面：将探诊后的探头放置于牙周袋部位的牙周骨粉和牙石内，然后用刮匙或镊子将牙石和肉芽组织刮除，再用生理盐水等液体进行反复冲洗，直到没有牙石和菌斑为止;
4、冲洗：将冲洗液、冲洗药物等反复冲洗，直到没有液体或杂质为止;
5、上药：在冲洗结束后，医生会在牙周袋部位上药，常用药物包括盐酸米诺环素软膏等，可以起到消炎的作用;
6、复诊：在进行上述操作后，即可在医生指导下进行复诊，由医生根据检查结果决定是否需要进行其它治疗。
如果进行牙周深度清洁治疗后，牙周深度清洁治疗的效果不佳，牙周袋内仍有食物残渣或软垢等，说明牙龈炎症没有得到控制，需要继续进行深度清洁治疗。另外，如果牙周深度清洁治疗后，牙齿出现了较为明显的叩痛或者咬合痛等症状，也需要继续进行深度清洁治疗。
