先天性直肠肛管畸形的发生时间因个体差异而异，通常在胚胎发育的第4-8周。畸形的类型和严重程度是影响形成时间的主要因素。

先天性直肠肛管畸形是指肛门和直肠在胚胎发育过程中出现的结构异常。先天性直肠肛管畸形通常在胚胎发育的第4-8周发生，这是因为这段时间内，肛门和直肠的结构正在形成。良好的胚胎发育环境有利于肛门和直肠的正常形成，从而减少畸形的发生。然而，如果在此期间受到外部因素的影响，如药物作用或遗传因素，可能会导致肛门和直肠的结构异常，增加畸形的风险。

因此，建议在孕期定期进行产前检查，特别是对于有家族史或既往生育过先天性肛门直肠畸形患儿的孕妇，应特别关注胎儿的肛门和直肠发育情况，以便早期发现和干预。