做完肛瘘手术后小便颜色深黄，可能是由于饮水较少导致尿液浓缩引起，也可能是存在泌尿系统结石、肠道感染、上消化道出血导致。建议在医生指导下，根据原因进行针对性处理。

1、饮水较少：做完肛瘘手术后，患者通常需要进行高锰酸钾坐浴，可起到消炎杀菌的作用。如果平时喝水比较少，可导致尿液浓缩，从而出现小便颜色深黄的现象。通常可以通过多喝水的方式进行改善，并且也要养成良好的排尿习惯;

2、泌尿系统结石：若在做完肛瘘手术后出现泌尿系统结石，有可能会导致血尿，从而出现做完肛瘘手术后小便颜色深黄的现象。患者通常可以通过多喝水或多进行跳跃运动的方式，促进结石排出，必要时需要进行激光碎石手术;

3、肠道感染：如果在做完肛瘘手术后没有做好局部护理工作，受到病原菌感染，有可能会导致小便颜色加深或呈黄色脓尿，表现为做完肛瘘手术后小便颜色深黄。患者可以配合医生服用抗感染药物进行治疗，如阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星片等，还可使用生理盐水冲洗尿道，有助于病情恢复;

4、上消化道出血：若患者在做完肛瘘手术后出现上消化道出血的情况，血液随尿液排出体外时，可导致小便颜色加深或呈黄色脓水。患者应尽快到医院就诊，可遵医嘱使用蛇毒血凝酶注射液、酚磺乙胺注射液等药物进行治疗，日常还应禁食，以免加重出血症状。