男生同房后小腹痛可能是由于精囊炎、输尿管结石、肠梗阻等原因导致的。

精囊炎是由病原体引起的精囊急性或慢性炎症，可因细菌入侵所致，如大肠埃希菌、克雷伯杆菌等，会导致生殖道黏膜损伤及免疫应答异常，从而引发局部组织水肿和渗出，进而产生疼痛感。输尿管结石是指肾脏中的结晶体移动到输尿管并在该处形成固体块状物，当结石移动或被卡在狭窄处时会引起剧烈腰痛，并可能向下放射至腹部。肠梗阻是由于肠道内物质无法通过而造成的堵塞，此时食物残渣会积聚在肠道中，产生气体和液体，导致腹胀和疼痛。

如果患者存在前列腺炎、膀胱炎等疾病，在性生活的过程中可能会诱发或者加重不适症状，所以会出现小腹疼痛的现象。

针对男性同房后出现的小腹疼痛，建议避免过度紧张，同时注意休息，以免加重不适症状。若疼痛持续不缓解或伴有其他症状，应及时就医以确定具体原因并接受适当治疗。