黄连素对通便没有直接作用，但在某些情况下可能会间接影响排便功能。
黄连素主要用于治疗腹泻，其抗菌作用有助于消除引起腹泻的病原体，从而改善症状。
在腹泻状态下，虽然食物残渣经过肠道的时间缩短，但由于水分吸收不足而形成稀薄粪便，导致排便次数增多。当感染性腹泻得到控制后，正常的肠道菌群恢复平衡，水分吸收恢复正常，大便形态也转为正常，此时排便频率会降低。由于黄连素不直接影响肠道运动，因此不会改变肠道的生理节律，也就不会导致便秘的发生。
如果患者长期存在便秘问题，可考虑使用促进胃肠动力药物进行治疗，如莫沙必利片、盐酸伊托必利片等。
对于便秘患者，建议保持充足的水分摄入，以软化大便，并增加膳食纤维摄入量，如燕麦、芹菜等，以促进肠道蠕动。
