生殖器疱疹一般不会留下疤痕。

该疾病主要是由2型单纯疱疹病毒感染所引起的一种传染性疾病，在患病期间会导致生殖器部位出现水泡、糜烂等症状，如果患者积极进行治疗，并且没有发生继发细菌感染的情况，则症状可以较快痊愈，此时并不会对皮肤造成严重的损害，所以不会留下疤痕。

个别情况下，若患者的皮肤屏障受损严重或存在免疫功能低下等情况时，可能增加疤痕形成的概率。

预防生殖器疱疹的关键是保持良好的个人卫生习惯，避免与感染者密切接触。对于已经患有该病的人群而言，应减少复发频率并降低并发症风险，以减少皮肤损伤的可能性。