做治疗肛瘘的手术一般不会很痛，因为现在有比较好的麻醉技术可以使用。

肛瘘手术通常采用局部麻醉或全身麻醉的方式进行，以减少患者的疼痛感。局部麻醉是在手术部位注射药物，使该区域暂时失去感觉，从而达到止痛的目的；而全身麻醉则通过给予患者一种药物使其意识丧失，感受不到疼痛。这两种麻醉方式都能有效地控制手术中的疼痛，因此患者不必过于担心术中疼痛的问题。

如果患者对疼痛较为敏感或者存在术后感染等情况，则可能会出现一定程度的不适感。

在进行肛瘘手术前，应与医生详细沟通，了解可能的风险和并发症，并遵循医嘱做好术前准备，以减轻术后疼痛。