甲硝唑用三天停可能会复发。

甲硝唑用三天停后复发的风险与药物是否完全治愈感染有关。对于某些微生物引起的感染性疾病，如阴道滴虫病、贾第鞭毛虫病等，由于该药物具有广谱抗原虫及抗厌氧菌的作用，因此可以用于上述疾病的治疗，且通常需要连续服用数日才能彻底清除病原体，否则可能导致病情反复。

甲硝唑用三天停后复发的风险还取决于患者的免疫状态以及是否存在共存疾病或并发症。

在使用甲硝唑期间，应注意观察是否有药物不良反应发生，并遵循医嘱完成整个疗程以减少复发风险。同时，患者应保持良好的个人卫生习惯，避免过度疲劳和压力，以增强免疫力。