新生儿甲状腺功能减退症的症状轻重取决于甲状腺功能减低的程度及是否及时诊治。

新生儿甲状腺功能减退时，甲状腺激素合成与分泌减少，反馈性地使下丘脑TRH与垂体TSH分泌增多，促进甲状腺组织增生，并刺激甲状腺释放更多的甲状腺激素，形成高促甲腺素血症。当甲状腺组织因自身免疫损伤而被破坏，此时虽然甲状腺激素已不足以满足机体需要，但由于负反馈调节的作用，TRH与TSH仍保持在正常范围甚至偏高水平，此即为高TSH型甲减；反之，如果甲状腺组织未受明显损伤，则TRH与TSH可低于正常值，称为低TSH型甲减。

新生儿甲状腺功能减退还可能伴随有贫血、水肿等并发症，这些症状通常是由甲状腺激素缺乏引起的代谢率下降所致。

新生儿甲状腺功能减退需定期监测甲状腺功能指标，早期识别和治疗可以有效预防神经系统损害。