慢性扁桃体炎患者晚上扁桃体痛可能是急性发作、局部神经反射性疼痛等原因引起的。

慢性扁桃体炎患者存在免疫防御功能下降的情况，在受到细菌感染后容易诱发急性发作，此时会导致扁桃体充血水肿，进而引发疼痛症状。此外，当患者的扁桃体发生炎症反应时，会刺激周围神经末梢，导致局部神经反射性疼痛，因此会出现晚上扁桃体痛的现象。

夜间睡眠时，由于体位改变或呼吸道不通畅等因素引起呼吸暂停，可能导致咽部黏膜干燥，进一步加重扁桃体炎的症状。这主要是因为睡眠中鼻腔通气受阻，导致口呼吸，空气直接进入口腔，使咽部黏膜受到刺激而出现不适感。

针对慢性扁桃体炎，患者应避免接触已知过敏原，并保持充足的休息，以减少扁桃体反复发炎的机会。若疼痛加剧或伴有发热等全身症状，应及时就医以免延误病情。