小脑扁桃体下疝手术可能会出现术后感染、脑脊液漏、颅内出血等后遗症。

小脑扁桃体下疝手术属于较为复杂的神经外科手术，需要开颅进行，此时患者的抵抗力相对较弱，容易受到细菌侵袭而发生感染；此外，在手术过程中对硬脑膜及蛛网膜的损伤可能导致脑脊液渗漏，从而引起脑水肿、颅内压增高等并发症状；另外，如果在手术中止血不彻底或者患者凝血功能较差，则可能出现颅内出血的情况。

还应考虑是否存在术后并发症，例如脑积水或颅内感染，这些都可能成为长期后遗症。

围手术期管理及术后康复是减少小脑扁桃体下疝手术后遗症的关键环节。

患者需定期复查，监测病情变化，及时发现并处理任何异常状况。