下丘脑性闭经多由于下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常导致，包括常见的继发性闭经、功能性闭经、原发性闭经等，可针对病因进行治疗，主要包括补充激素、抑制免疫反应、诱导排卵、以及手术治疗等。
1、补充激素：主要应用雌激素、孕激素或雌孕激素联合治疗，临床常用的是戊酸雌二醇片、黄体酮胶囊等，可诱导下丘脑分泌促性腺激素释放激素，进而诱导卵泡发育、排卵，以恢复正常的月经周期;
2、抑制免疫反应：常用环磷酰胺、硫唑嘌呤等药物抑制免疫反应，免疫抑制剂也可抑制垂体促肾上腺皮质激素的释放，从而导致闭经，因此患者可遵医嘱使用地塞米松等药物进行治疗;
3、诱导排卵：应用氯米芬、来曲唑等药物可促进排卵，以帮助患者恢复月经周期，在必要时也可应用人工周期治疗，以恢复正常的月经周期;
4、手术治疗：若下丘脑性闭经是由于下丘脑肿瘤引起，则需采取手术治疗，在下丘脑肿瘤切除后，多数患者的下丘脑闭经可恢复。
除上述治疗外，患者还需改善生活方式，注意休息，保持充足睡眠，避免熬夜，以及保持良好心情，避免紧张、焦虑等不良情绪，以免导致内分泌紊乱，进而导致闭经的进一步加重。同时患者还应适当进行体育锻炼，以增强体质，也有利于月经的恢复。
