三个月婴儿枕秃可能是由维生素D缺乏、钙质缺乏、睡眠环境不当、头癣、湿疹等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素D缺乏

维生素D有助于促进肠道对钙和磷的吸收，进而帮助骨骼发育。缺乏维生素D会导致佝偻病，影响骨骼健康。通过日晒、食物摄取或医生开具的维生素D补充剂进行补充是常见的治疗方法。

2.钙质缺乏

钙是构成骨骼的重要元素，缺钙会影响骨骼生长和发育，导致佝偻病的发生。可通过食用富含钙的食物如乳制品、深海鱼类等来增加摄入量，必要时可在医师指导下使用钙片补钙。

3.睡眠环境不当

睡眠环境中的温度过高或者过低都可能导致宝宝出汗过多或过少，从而引起枕头发痒。调整室温并穿着适宜的衣服可以帮助改善这种情况。

4.头癣

头癣是由真菌感染头皮和毛发所致，可导致脱发、瘙痒等症状，引起婴儿出现枕秃的现象。患者可以在医生指导下局部涂抹酮康唑洗剂、硫磺软膏等药物进行治疗。

5.湿疹

湿疹是一种慢性炎症性皮肤疾病，可能由遗传因素、环境刺激或其他未知原因引起，导致皮肤干燥、红斑、瘙痒等症状，引起婴儿出现枕秃的现象。可以遵医嘱使用他克莫司软膏、吡美莫司乳膏等非激素类药膏进行治疗。

建议定期带孩子到医院进行生长发育评估以及血液中钙和维生素D水平检测，以监测孩子的健康状况。注意保持适当的室内湿度，并避免过度包裹以防出汗过多。