泌尿系感染的致病菌主要是革兰氏阴性菌，其中以大肠埃希菌最为常见。
大肠埃希菌是人体肠道内的常驻菌群，在正常情况下不会引起感染，但在某些条件下，例如尿道口不洁、长时间憋尿等，可能导致其进入尿道，引发泌尿系感染。该菌能产生尿素酶分解尿素产生氨，形成适合自身生长的碱性环境，同时
还能产生黏液蛋白，有助于粘附于尿路上皮细胞，使其成为单个菌体或群体定居的基础。此外，大肠埃希菌还能够分泌一些酶类物质，如透明质酸酶、胶原酶等，这些酶可以降解尿路上皮细胞表面的基质，使得细菌更容易侵犯尿路上皮细胞，引发局部炎症反应。
除大肠埃希菌外，屎肠球菌也是泌尿系感染的常见致病菌之一，尤其是在女性中更为普遍。屎肠球菌在肠道内存在，可通过尿路侵入而导致感染。
预防泌尿系感染需注意个人卫生，尤其是保持外阴及肛门区域清洁，避免使用刺激性强的洗剂，以免破坏阴道自洁作用，增加感染风险。
