由于肛瘘手术时需要切开或切除病变的肛门周围组织，会造成一定的创伤，此时会导致局部软组织损伤，进而引起疼痛的症状。如果术后不注意个人卫生或者过早进行剧烈运动，可能会增加发生感染的风险，炎症因子刺激也可能诱发疼痛症状。此外，手术过程中使用的缝线材料也可能会对肠道产生刺激作用，引起不适感。
患者在做完肛瘘手术后出现腹痛的现象还可能是肠梗阻、肠穿孔等疾病导致的，需及时就医进一步完善相关检查以确定具体原因。
术后患者应注意休息，避免剧烈运动，以免加重腹痛症状。同时还要调整饮食结构，暂时进食流质或半流质食物，减少对肠道的刺激，有利于身体恢复。
