致病菌多为大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌等革兰阴性杆菌，因为这类细菌在肠道中较为常见且易于通过受损的肠道黏膜进入腹腔。
肝硬化患者的门静脉高压会增加肠壁毛细血管通透性，导致肠道内的细菌移位到腹腔内。这类革兰阴性杆菌在肠道中的数量较多，并且它们能够利用肝脏代谢产生的毒性物质作为生长因子，在腹膜内迅速繁殖引起炎症反应。
此外，还有铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌等革兰阳性球菌也可能会成为肝硬化患者并发自发性腹膜炎的致病菌。
对于肝硬化的管理，应密切监测腹水感染的可能性，避免使用可能加重胃肠道菌群失调的药物，以减少自发性腹膜炎的风险。
