真菌扁桃体炎由真菌感染引起，而细菌扁桃体炎则由细菌感染所致。
真菌扁桃体炎是由真菌侵入扁桃体黏膜引起的炎症，如白色念珠菌。真菌通过寄生或入侵的方式破坏扁桃体组织，导致局部免疫反应和炎症。细菌扁桃体炎多为溶血性链球菌、葡萄球菌等致病菌引起的急性化脓性扁桃体炎，这些细菌产生毒素和酶类物质，刺激扁桃体产生炎症反应。真菌与细菌感染都可能导致扁桃体红肿、疼痛、发热等症状，但伴随症状有所不同。真菌感染可能伴有口腔异味、咽喉部白色假膜形成，而细菌感染常伴随咽痛、吞咽困难、颌下淋巴结肿大等。
诊断这两种类型的扁桃体炎通常需要进行咽拭子培养以鉴定致病微生物，此外还可借助快速抗原检测法来确定是否存在特定的病原体。必要时医生还可能会建议做胸部X线检查、CT扫描或MRI成像以评估肺部或其他部位是否有继发性感染迹象。两种疾病的治疗方法也不同。真菌扁桃体炎一般采用口服抗真菌药物治疗，例如氟康唑或伊曲康唑；细菌扁桃体炎则需使用抗生素治疗，如青霉素或阿莫西林克拉维酸钾。
患者应保持充足的休息，避免辛辣食物，确保充足的水分摄入，促进身体康复。
