九个月宝宝睡觉总摇头可能是由维生素D缺乏、寄生虫感染、湿疹、头皮屑过多、睡眠环境不佳等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素D缺乏

维生素D有助于促进钙和磷的吸收，其缺乏可能导致神经兴奋性增加，引起夜间多汗、不安等症状。通过日晒或补充维生素D制剂可以改善症状，如伊可新滴剂。

2.寄生虫感染

寄生虫感染时，会导致皮肤瘙痒，从而影响宝宝的睡眠质量。此外，某些寄生虫可能分泌出一些物质，这些物质能够刺激中枢神经系统，导致宝宝出现烦躁不安的症状。如果确诊为寄生虫感染，则需要及时就医，在医生指导下使用驱虫药物进行治疗，比如阿苯达唑片、盐酸左旋咪唑宝塔糖等。

3.湿疹

湿疹是由多种内、外因素引起的真皮浅层及表皮炎症，通常伴有剧烈瘙痒，夜晚瘙痒感加剧，导致宝宝难以入睡。抗组胺药可用于止痒，常用有氯雷他定糖浆、盐酸西替利嗪口服溶液等。

4.头皮屑过多

头皮屑过多可能会使宝宝感到不适，进而影响睡眠质量。建议定期清洗宝宝的头发，保持头皮清洁干燥，必要时可使用含有去屑成分的洗发水。

5.睡眠环境不佳

睡眠环境不佳包括噪音过大、光线过亮、温度过高或过低等因素，这些都可能干扰宝宝的睡眠，导致其在晚上辗转反侧。家长应创造一个安静、昏暗且适宜的睡眠环境，例如安装窗帘遮光、使用耳塞隔绝噪音等。

针对九个月宝宝睡觉总摇头的情况，建议关注是否存在微量元素缺乏，可在医师指导下进行微量元素检测；同时观察孩子是否有夜惊、易醒等情况，以排除睡眠障碍的可能性。