3个月宝宝枕秃可能是由维生素D缺乏、钙质缺乏、睡眠环境不当、头皮湿疹、头癣等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素D缺乏

维生素D有助于促进钙和磷的吸收和利用，其缺乏可能导致骨骼软化、生长迟缓等问题。补充维生素D是关键，可通过日晒或医生指导下的口服维生素D制剂来实现。

2.钙质缺乏

钙质对婴幼儿的骨骼发育至关重要，缺钙会导致颅骨软化，出现枕秃的现象。

可在医师指导下使用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙D3咀嚼片等药物进行补钙治疗。

3.睡眠环境不当

睡眠环境中的温度过高或者过低都可能影响孩子的睡眠质量，导致出汗过多而引起枕秃。调整室内的温度以及湿度，保持适宜的睡眠环境，有利于改善不适现象。

4.头皮湿疹

头皮湿疹是由多种内外因素引起的皮肤炎症反应，可表现为红斑、丘疹、瘙痒等症状。反复搔抓可能导致局部头发脱落，形成斑块状脱发区即枕秃。患者可以遵医嘱使用他克莫司软膏、吡美莫司乳膏等药膏进行治疗。

5.头癣

头癣由真菌感染引起，具有传染性，可导致头皮屑增多、脱发等症状。头癣的治疗通常需要使用外用抗真菌药膏，如特比萘芬乳膏、硝酸咪康唑乳膏等。

建议定期带孩子到医院进行生长发育评估和血液中钙质水平检测，以监测病情变化。必要时，还应配合医生通过X线检查、超声波检查等方式进一步确诊。