早晨起来口臭痰棕色可能是慢性咽炎引起的。

慢性咽炎是由急性咽炎反复发作、上呼吸道慢性炎症、烟酒过度、粉尘、辛辣食物等刺激，或鼻腔、鼻窦、扁桃体等邻近器官的慢性炎症直接蔓延引起，可表现为咽部灼热感、干燥感、痒感、异物感等症状，还可能出现咳嗽、咳痰等情况，痰液中可能存在少量血液，进而呈现棕色。

此外，长期吸烟也可能导致上述症状出现。因为烟草中的有害物质会刺激口腔黏膜和咽喉部位，引起炎症反应，从而产生异味和痰液颜色改变。

针对早晨起来口臭痰棕色的症状，建议患者及时就医进行相应的检查，以确定具体原因，并接受相应治疗。日常生活中应保持良好的口腔卫生习惯，定期刷牙、使用牙线和漱口水，有助于减少口臭的发生。