先天性肠旋转不良通常无法自愈，但经过及时、适当的治疗，如肠扭转复位术等，病情可得到控制，一般不会对患者的预期寿命产生严重影响。

先天性肠旋转不良主要是由胚胎期中肠发育过程中形成的肠系膜上动脉供血障碍所致，导致小肠固定位置异常，引起肠管旋转不全或逆时针旋转异常。若及时进行针对性治疗，如肠扭转复位术，可以纠正肠管位置，恢复其正常的解剖结构和功能，减少肠粘连的发生，降低肠梗阻的风险，从而预防并发症的发生和发展，有助于保护患者的健康状况。因此，虽然该疾病较为复杂，但只要积极干预，通常不会对生命造成威胁。

此外，如果患者存在严重的营养不良或伴有免疫系统缺陷，可能会影响疾病的预后，增加治疗难度，此时可能会缩短患者的生存时间。

先天性肠旋转不良是一种常见的消化道畸形，早发现、早诊断、早治疗至关重要。定期体检以及注意观察儿童的腹部体征变化，如是否有腹痛、呕吐等症状，是早期识别的关键所在。