男性小便刺痛并有黄色分泌物可能是尿道炎、膀胱炎、输尿管结石等原因导致的，需针对具体病因进行治疗。

上述疾病可导致尿道黏膜受损，使机体免疫细胞和坏死组织一起混入尿液中，从而引发尿色发黄的情况。若未及时治疗，随着病情的发展，可能会对肾脏造成损害，严重时甚至会导致肾功能衰竭，因此需要积极寻找并消除诱因，同时使用抗生素治疗。

如果患者存在尿频、尿急等症状，则可能为泌尿系统感染所致。此外，还应考虑是否存在前列腺炎等疾病，可通过超声检查进一步明确诊断。

在确诊前，建议患者避免自行服用任何药物以减少耐药性，并保持充足的水分摄入以促进细菌排出。日常生活中还要注意个人卫生，勤换内裤，以免加重不适症状。