舌根两侧疼可能是舌咽神经痛、舌炎、舌扁平苔藓、舌癌等疾病引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.舌咽神经痛

舌咽神经痛是由舌咽神经受压、炎症或其他损伤引起的，当刺激到舌咽神经时会导致疼痛感。患者可以遵医嘱使用卡马西平、苯妥英钠等药物进行抗癫痫治疗。

2.舌炎

舌炎通常由感染、机械性创伤、维生素B缺乏等原因引起，这些因素导致舌头黏膜发生炎症反应，进而出现疼痛的症状。补充维生素B群和锌是常用的治疗方法，如口服复合维生素B片、葡萄糖酸锌口服溶液等。

3.舌扁平苔藓

舌扁平苔藓是一种慢性炎症性疾病，其病因可能涉及遗传、免疫、精神压力等多种因素。病变处的细胞增生异常，可能导致口腔黏膜上的白色条纹状病变，伴有轻微的疼痛。患者可遵照医生的意见局部涂抹曲安奈德软膏、卤米松乳膏等药膏缓解不适症状。

4.舌癌

舌癌的发生与长期吸烟、饮酒以及嚼食槟榔有关，癌变组织侵犯周围结构可能会引起疼痛。手术切除肿瘤是主要的治疗方式，对于晚期病例，化疗也可作为辅助手段以减少肿瘤负荷并控制病情进展。

建议定期进行口腔检查，特别是对于存在长期吸烟、酗酒或咀嚼烟草史的人群，应特别注意口腔卫生，避免食用过热、过硬的食物，以减少对舌部的刺激。