新生儿食管闭锁手术后的后遗症因人而异，通常取决于术中损伤程度及术后护理。

后遗症的发生与术中的损伤程度有关，如果在手术过程中对周围组织造成较大损伤，可能导致术后出现吞咽困难、疼痛等不适症状。此外，术后护理也至关重要，良好的护理可以减少感染和其他并发症的风险，从而降低后遗症发生的概率。

若新生儿存在先天性心脏病或肺部疾病，可能增加术后并发症风险，导致呼吸功能不全、心力衰竭等严重后果。

围手术期管理需密切监测患儿的生命体征及营养状态，并遵循医嘱进行喂养和药物治疗以促进恢复。