结膜炎引发头疼可能是由于细菌感染、病毒感染、过敏反应、干眼症或过度用眼导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的治疗。

1.细菌感染

细菌侵入结膜可导致炎症，炎症因子刺激眼部神经和血管，进而引起头痛。抗生素治疗是主要手段，如妥布霉素滴眼液、盐酸左氧氟沙星滴眼液等。

2.病毒感染

病毒性结膜炎通常由腺病毒或其他肠道病毒引起，这些病毒具有一定的传染性。当患者接触了被污染的眼药水或者公用毛巾时，就有可能会被传染上，从而出现结膜充血、水肿等症状。此外，还可能会伴随有畏光、流泪以及异物感等情况发生。抗病毒药物可用于缓解病情发展，例如利巴韦林滴眼液、更昔洛韦眼膏等。

3.过敏反应

过敏性结膜炎是由特定物质引起的免疫系统异常反应，会导致眼睛瘙痒、肿胀和分泌物增多，同时也会释放出化学物质来减轻组织损伤，这些化学物质会通过血液传播至头部，引起头痛。抗组胺药可用于缓解过敏症状，如酮替芬片、氯雷他定片等口服药物，也可使用富马酸依美斯汀滴眼液进行外用。

4.干眼症

干眼症是一种慢性疾病，由于泪液分泌不足或蒸发过快导致结膜表面干燥，容易受到细菌入侵而引发炎症，炎症因子会刺激三叉神经，从而引起头痛的症状。人工泪液替代疗法是常见的治疗方法，如玻璃酸钠滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等。

5.过度用眼

长时间用眼会使睫状肌持续收缩或痉挛，晶状体厚度增加，视网膜受到压力增大，因此看东西就会感到模糊不清。若在这个过程中没有及时休息，就会加重眼睛负担，影响视力调节功能正常发挥，久而久之可能导致近视。青少年儿童可以选择佩戴框架眼镜进行矫正，也可以选择角膜塑形镜进行改善。

建议定期复查以监测病情进展，必要时进行眼科专业评估。保持良好的生活习惯，如充足睡眠和适当的眼睛保健，有助于减少不适症状的发生。