胃肠道间质瘤通常是一种低度恶性的软组织肉瘤，但也有可能是高度恶性的。
胃肠道间质瘤的恶性程度主要取决于肿瘤大小、核分裂象计数以及是否有远处转移。小的、无核分裂象的肿瘤往往预后较好；而大的、多核分裂象且有远处转移的肿瘤则更具有侵袭性，预后较差。此外，患者的年龄、身体状况及是
否有合并症也会影响胃肠道间质瘤的恶性程度。
对于某些罕见类型的胃肠道间质瘤，如平滑肌肉瘤或神经鞘瘤，其生物学行为可能介于良性和恶性之间，需要具体情况具体分析。
在诊断胃肠道间质瘤时，应考虑多种因素以确定其恶性程度，并制定适当的治疗计划。定期监测病情变化，及时处理并发症，有助于改善患者的生活质量和预后。
