阴道流棕色分泌物一般不会直接影响胎心胎芽。

正常情况下，胎心胎芽形成于受孕后3-4周，此时胚胎处于早期阶段，其结构相对不稳定。而阴道流棕色分泌物多考虑是宫颈炎、子宫内膜炎等妇科炎症性疾病导致的，虽然会对胎盘血液循环产生一定的影响，但该影响较为轻微且短暂，通常不会直接导致胎心胎芽受到影响。

若患者在孕期出现阴道流褐色分泌物，并伴有腹部疼痛或阴道瘙痒等症状，则可能是先兆流产的表现，可能会影响到胎心胎芽的发育。

建议孕妇定期监测胎心胎芽的情况，以及时发现异常。同时还要注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持外阴清洁干燥，避免使用刺激性强的洗液清洗外阴。