通过症状、妇科检查以及B超检查可以判断自然流产是否干净。

症状方面，可出现腹痛减轻或消失、阴道流血减少或停止等表现；妇科检查时，宫颈口关闭，子宫恢复正常大小；B超检查显示宫腔内无残留胎囊及胚芽组织。以上均表明自然流产已干净。

如果患者在自然流产后仍有持续性下腹部疼痛、异常出血等情况，需考虑是否存在残留物引起的感染或其他并发症。

监测自身症状变化是判断自然流产是否干净的重要方法，但建议定期复查以确认身体恢复情况。