睡完觉起来左边肩胛骨下面疼可能是睡眠姿势不当、枕头过高、肩周炎、颈椎病、胸膜炎等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.睡眠姿势不当

睡眠姿势不当可能导致肌肉紧张或拉伤，进而引起疼痛。调整睡眠姿势，使用正确的床垫和枕头可以缓解不适。

2.枕头过高

枕头过高会导致颈部前倾，增加肩背部负担，从而引起疼痛。选择合适的枕头高度有助于减轻压力，缓解疼痛。

3.肩周炎

肩周炎是肩关节周围软组织的炎症反应，可导致肩部疼痛、僵硬等症状。睡眠时压迫患侧肩部，可能加剧疼痛。非甾体抗炎药如布洛芬可用于缓解轻至中度的肩周炎引起的疼痛。

4.颈椎病

颈椎病是由颈椎退行性变引起的疾病，包括神经根型颈椎病等类型，当病变刺激或压迫邻近的颈神经根时，可能会出现肩背痛的症状。患者可在医生指导下服用美罗昔康片、塞来昔布胶囊等药物进行止痛处理。

5.胸膜炎

胸膜炎是指发生在胸膜腔内的炎症，由于炎症刺激，会引起胸部疼痛，这种疼痛通常会在咳嗽或深呼吸时加剧。患者需要遵医嘱使用阿莫西林克拉维酸钾分散片、头孢克肟颗粒等抗生素类药物控制感染，从而达到止痛的目的。

建议定期进行体检，特别是针对肌肉骨骼系统和心血管系统的检查，例如X线检查、超声心动图等，以早期发现并预防相关问题的发生。