支原体肺炎咳嗽三个月还不好可能是药物选择不当、耐药性产生、并发症发生等原因导致的。

1. 药物选择不当：使用了不合适的抗生素治疗支原体感染，未能有效抑制病原体生长繁殖，致使病情持续发展，引起咳嗽持续不愈。

2. 耐药性产生：在初次治疗时，如果使用了错误的抗生素或者没有完成整个疗程，可能导致细菌产生耐药性，使得后续治疗效果不佳，进一步加重咳嗽症状。

3. 并发症发生：支原体感染除了引发肺炎外，还可能会诱发支气管炎或其他呼吸系统并发症，这些并发症会导致咳嗽持续存在。

针对支原体肺炎咳嗽三个月的情况，建议及时就医进行痰培养及药物敏感试验，以调整治疗方案。同时，保持充足休息，多喝水，有助于促进病情恢复。

患者可能出现肺部纤维化等后遗症，需要密切监测病情变化，并定期复查胸部X线或CT扫描。

在治疗支原体肺炎的过程中，应遵循医嘱，按时按量服用医生开具的药物，并注意休息，避免过度劳累，以促进身体康复。