小儿咽峡炎疱疹可以考虑使用利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦、奥司他韦、阿莫西林等药物进行治疗。由于咽峡炎疱疹是由病毒引起的，因此需在专业医生指导下使用药物。
1.利巴韦林
利巴韦林适用于小儿咽峡炎由利巴韦林敏感病毒引起的感染。该药物具有广谱抗病毒的作用。肾功能损害者应谨慎使用本品。
2.阿昔洛韦
阿昔洛韦可用于单纯疱疹病毒感染所致的小儿咽峡炎。此药物能够抑制病毒复制。肾功能严重不全患者需调整剂量。
3.更昔洛韦
更昔洛韦可作为巨球蛋白血症合并免疫缺陷患者的咽峡部带状疱疹的优选药物。其能选择性地与病毒DNA聚合酶三联体复合物中的ganciclovir三磷酸盐形式相结合，从而引起多聚腺嘌呤核苷酸的合成错误，导致DNA链延长终止。接受更昔洛韦治疗的患者有出现严重的和经常致命的机会性感染病例报道，包括多重感染、败血症、脑膜炎、肺孢子菌肺炎等。
4.奥司他韦
奥司他韦可用于流感病毒感染引发的小儿咽峡炎。本品通过干扰甲型流感病毒内神经氨酸酶活性而阻断新的病毒颗粒从被感染细胞释放，从而起到抑制病毒复制的作用。肝功能异常者慎用。
5.阿莫西林
阿莫西林对于细菌感染诱发的小儿咽峡炎有效。本品属于β-内酰胺类抗生素，能够抑制细菌细胞壁合成，使细菌迅速成为球状体而溶解、破裂。溶血性链球菌感染患者用本品治疗时可能发生吉海反应，出现高热、皮疹、关节肿痛、肌痛、呕吐、腹泻等，一般在停药后24～72小时内消失。
以上提及的所有药物均需要遵医嘱合理使用。在治疗小儿咽峡炎的同时，应注意患儿口腔卫生，避免辛辣刺激食物，以免加重局部炎症反应。
