自然流产后多久可以做HPV检查，需要根据自然流产的原因进行分析。出现自然流产的原因，可能与胚胎发育异常、母体疾病、环境影响等有关。

1、胚胎发育异常：如果是胚胎发育异常导致的流产，如染色体异常引起的先兆流产，一般建议流产后2周左右再做HPV检查，以明确是否流产干净;

2、母体疾病：如果女性是由于自身黄体功能不全，或者存在甲状腺功能减退、子宫畸形等疾病导致的流产，这种情况下一般建议暂缓HPV检查，需要等到流产后1个月，身体恢复良好的情况下再进行检查;

3、环境影响：自然流产后，女性身体较为虚弱，如果在自然流产后不注意生活调理，如过早进行性生活、盆浴等，或者受到环境因素影响，如空气污染、食物污染等，均可能导致女性宫腔内感染致病菌，不利于身体恢复，这种情况下也需要等到流产1个月后，身体机能恢复良好的情况下再做HPV检查;

4、其他原因：如果女性自然流产是由于服用米非司酮、米索前列醇等药物流产，这种情况下通常需要在药物流产后7-10天复查B超，观察子宫内膜的恢复情况，以及宫腔内残留物的情况，决定是否需要清宫。

此外，女性在自然流产后进行HPV检查时，建议提前告知医生自己怀孕的情况，以便医生选择合适的检查方法。同时自然流产后应注意休息，避免过度劳累，注意饮食清淡，可以多摄入蛋白质含量高的食物，如鸡蛋、牛奶等，促进身体恢复。