怀孕三个月查出耳聋基因可能是由于孕妇家族遗传、胎儿染色体异常等原因引起的。建议孕妇及时前往医院就诊，在医生的指导下进行治疗。

1.孕妇家族遗传：如果孕妇家族中有耳聋患者，则其后代出现耳聋的概率会相对较高。因为耳聋是一种常染色体隐性遗传病，所以孕妇在怀孕期间需要定期去医院做产检，观察胎儿的生长发育情况。如果胎儿出现了耳聋的情况，可以在出生后通过佩戴助听器的方式进行改善，也可以通过人工耳蜗植入术等方式进行治疗。

2.胎儿染色体异常：如果胎儿存在染色体异常的情况，可能会导致听力神经受到损伤，从而引起上述症状。此时可以通过羊水穿刺检查、无创DNA产前检测等相关的检查来判断具体情况，并积极配合医生对症处理。

除此之外，还可能是因为孕期用药不当、环境因素等原因造成的。若身体不适症状严重时，需及时就医治疗。