肛门指检是临床常用的检查之一，肛门指检时患者会有明显疼痛感，可能是由于肛裂、痔疮、肛周脓肿、肛门直肠手术所导致。

1、肛裂：多是由于便秘或反复腹泻，刺激肛管，引起肛管皮肤全层裂开，形成小溃疡，会导致患者出现明显疼痛，尤其是在排便时疼痛更加明显，有时还会出现便血;

2、痔疮：如果患者有痔疮，在进行肛门指检时，会触碰到痔疮组织，可引起较为明显的疼痛。痔疮多是由于饮食习惯不良所导致，例如进食过多辛辣刺激食物、饮酒等，或者是由于久坐久蹲等，当痔疮发生炎症、水肿、嵌顿时，也可能会引起明显的疼痛;

3、肛周脓肿：在进行肛门指检时，也会出现明显的疼痛感，主要是由于肛门周围软组织发生化脓性感染，从而形成脓肿，会导致患者出现肛周持续性剧烈疼痛，尤其是在排便、咳嗽时，疼痛症状会更加明显;

4、肛门直肠手术：如果患者进行直肠、肛管的手术，在术后恢复过程中进行肛门指检时，也会出现比较明显的疼痛。因为进行直肠、肛管手术时，会牵拉周围组织，或者是刺激手术创面，会导致患者出现疼痛感。

除上述疾病因素外，部分女性患者在进行直肠指检时，由于不适感过于强烈，也会出现较为明显的疼痛感。建议及时告知医生，可以进行其他检查明确诊断，并采取相应治疗。